ケース１ ～残業代は払わない約束になっている～
社長の言い分 → 「残業代は払わない」という約束になっている。
労働基準法には、時間外労働に対しては割増賃金を支払わなければならないことが定められています。
法令 ＞ 労働協約 ＞ 就業規則 ＞ 労働契約という図式があります。
※ 法令・・・労働基準法などの法律や政令など
※ 労働協約・・・会社と労働組合との間で結ばれる労働条件等の協定
※ 就業規則・・・会社が定めた社内規則
※ 労働契約・・・会社と従業員個人との間の労働条件の契約
この式は、法令、労働協約、就業規則、労働契約の効力関係を表したものです。
何が言いたいかといいますと、法令に違反する内容を、いくら就業規則や労働契約で定めても、法令の効力の方が上回り、法令の規定が適用されるということです。
つまり、いくら就業規則や労働契約で「残業代は支払いません。」という条件を定めても、労働基準法で「時間外労働には割増賃金を支払わなければならない。」と定められている以上、労働基準法の規定が適用されるのです。
法律に違反する就業規則や労働契約は、その部分に関して無効となります。
たとえ「残業代は払わない。」という約束をしたとしても、その部分の契約は無効となるので、これを理由に残業代を支払わないという言い分は認められません。
ケース２ ～残業代は賃金の中に含まれている～
社長の言い分 → 「残業代は賃金（手当）の中に含めて支払っている。」
残業代込みの賃金制度（以下、「定額残業代制度」といいます。）自体は、違反ではありません。
このことは法令では定められていませんが、過去の裁判例により、適法であり、有効な制度であるとされています。
ただし、定額残業代制度が有効と認められるためには、次の３つのポイントが備えられているかどうかが重要となります。
定額残業代制度のポイント
定額残業代部分が、それ以外の賃金と、明確に区分されていること
定額残業代部分には、何時間分の残業代が含まれているのかが、明確に定められていること
時間外労働（残業）時間が、上記２．で定めた時間を超えた場合は、別途割増賃金の支払うこと
このようなポイントが明確に就業規則等で定められていなければ、「残業代は賃金（手当）の中に含まれている。」と主張しても、その言い分は認められません。
なお、定額残業代制度の詳細については、「定額残業代（固定残業代）とは」をご参照ください。
ケース３ ～会社は指示していない～
社長の言い分 → 「会社は指示していない。従業員が勝手に残業しただけだ。」
社長のおっしゃるとおり、本当に、会社の指示ではなく、従業員が勝手にした残業なのかもしれません。
しかし、労働法の世界では、「黙認」（暗黙のうちに認めること）も、「指示」のうちと判断されます。
タイムカード等に労働時間を示す退出時間が記録されており、それが黙認されていれば、「会社は従業員が勝手に残業することを認めた。」とみなされ、残業代を支払わなければなりません。
このようなケースでは、明らかに会社が「指示」していなくても、「黙認」したとみなされるため、残業代の支払い義務が生じます。
ケース４ ～仕事もせずダラダラと会社に残っていただけ～
社長の言い分 → 「従業員は、ダラダラと会社に残っていただけだ。仕事もしないで、インターネットで遊んでいた。」
社長のおっしゃるとおり、従業員は、本当に、仕事もせず、インターネットで遊んでいたのかもしれません。
しかし、その時間は、一般的に職場から完全に離脱した休憩時間とはならず、会社の指揮命令の下に置かれた労働時間とみなされます。
つまり、会社はその時間に対しても残業代を支払わなければならないことになります。
会社が取るべき策は、ダラダラした残業を認めないこと。許可なく残業している従業員を帰らせる姿勢が必要です。
仮に、会社が、ダラダラ残業を放置すれば、それは残業を「黙認」したとみなされ、残業代の支払義務が生じてしまいます。
ケース５ ～管理職には残業代は払わなくていいはずだ～
社長の言い分 → 「管理職には残業代を払わなくていいはずだ。」
労働基準法では、「管理監督者には、労働時間、休憩、休日に関する規定は適用しない。」旨が規定されています。
しかし、ここで注意してもらいたいことは、「会社組織における管理職」と、「労働基準法が定める管理監督者」は、必ずしもイコールではないということです。
つまり、あなたの会社で「管理職」の立場にある社員であっても、労働基準法の「管理監督者」には該当しないケースもあるということです。しかも、中小企業では、該当しないケースの方がむしろ多いのです。
「管理職」でも、労働基準法が定める「管理監督者」に該当しない場合は、残業代の支払義務が生じるため、「管理職だから」という言い分は認められないことになります。
詳しくは、「名ばかり管理職問題とは」をご参照ください。